De gångna årens pandemi har lett till en diskussion om hur kyrkan ska ställa sig till vaccineringen. I några fall har lokala församlingar krävt vaccinpass av besökarna, särskilt vid konserter. Kravet på vaccinpass har kritiserats för att det begränsar religionsfriheten.

Det är inte första gången kyrkan har agerat med anledning av svåra sjukdomar. Från 1500-talet och framåt var smittkopporna en fruktad sjukdom och 25-30 procent av de insjuknade avled. 1874 drabbades Stockholm av ett utbrott. Totalt 1191 personer avled då i sjukdomen, vilket var nästan 20 procent av alla som dog i Stockholm det året. 1963 inträffade det sista smittkoppsutbrottet i Sverige, och 27 personer insjuknade varav fyra avled. Sjukdomen är nu tack vare vaccineringen helt utrotad.

1816 blev det obligatoriskt i Sverige att vaccinera sig. Det var ofta församlingens klockare som blev ansvarig för vaccineringen. I husförhörslängderna som fördes i varje församling fanns en kolumn där vaccineringen noterades. I drygt 100 år, från 1810-talet till 1930-talet, var det kyrkans uppgift att notera om en person var vaccinerad eller inte. Vaccineringen mot smittkoppor upphörde 1976.

KP