Teologiskt var Thomas Müntzer en blandning. I en mening protestant, och stod i en tradition som påverkats av Wycliffe och Hus, men samtidigt erkände han inga auktoriteter, inte ens Bibeln, utan förlitade sig helt på Andens ledning. Han predikade på folkspråket men var också anabaptist.
När kyrkorummen blivit tömda på bilder, dofter, mystik och krångliga men lockade melodislingor, upptäckte den upplyste lutheranen att tron i all sin färdigpaketerade tydlighet hade tappat såväl sin dragningskraft som sin vardagsnära praktiska nytta.
Hans motto är In Illo uno unum, som kan översättas med »I Honom som är En, är vi ett», eller »I den Ende (Kristus) är vi ett». Uttrycket är hämtat ur den helige Augustinus reflektioner över Psaltarpsalm 127, där han förklarar att »även om vi kristna är många, så är vi ett i den ende Kristus.»
När vi kysser ikonen är det inte »materian vi dyrkar, utan Skaparen av den» såsom Johannes Chrysostomos uttrycker det.
Helige Gud och Fader, vi ropar till dig i din Sons, Jesu Kristi, namn, att du i din nåd fyller mitt hjärta, min håg, mitt sinne med din Helige Ande, så att jag tänker, talar och endast gör det som du själv vill och som du vill utföra genom mig.